某有限责任公司于2005年1月5日办理了工商营业执照，1月10日向主管税务机关申请办理了税务登记，该公司经营饲料、化肥、农药、农机、农膜，请问税务机关对该公司需要进行哪些税种认定？该公司增值税的适用税率是多少？