某金伯利钻石有限公司于2005年1月1日开业，1月5日办理了税务登记，经营各类金银首饰，主管税务机关经调查核实后为该公司办理了增值税和所得税税种认定，请问主管税务机关在税种认定过程中存在什么问题？