A施工企业以施工总承包方式中标一项新建铁路客运专线工程，因施工资源不足，将其中的一隧道工程（全长3480米）的全部工作内容以内部招标形式交由只具有土石方工程资质的B企业施工，并签订了工程施工合同。施工中，建设单位在一次质量大检查中发现，该隧道已完成的工程中存在严重质量问题。经A企业同意，建设单位委托专业公司对质量缺陷进行了修复。A企业随即终止了与B企业的合同关系，B企业要求A企业支付其已完工程费用。A企业是否应支付B企业已完工程费用？说明理由。